越剧，发祥于浙江省嵊县西乡农村，原来是民间口口相传的民谣山歌。1916年，由男演员组成的笃班进入上海，更名为“绍兴文戏”，1923年，全部由女演员组成的“文武女班”揭开了女子越剧面世的序幕。

新中国成立后，大声、玉凤越剧班先后来到南通，在启东、海门撒下了越剧启蒙的种子。

1955年6月，由原上海市新华越剧团和苏州青春越剧团（曾称南通市越剧一团、二团）合并而的南通市越剧团成立。筱白玉麟、杨谷中、沈月凤曾先后任正、副团长。主要演员有小生筱白玉麟、花旦沈月凤、老生徐锦芳、小丑章嘻嘻等。

1956年，南通专署文教科举办南通专区戏曲观摩演出大会，来自江、浙、沪等地的14个越剧社班云集南通更俗剧场，上演了《唐知县审诰命》《独木关》等作品，盛况空前。筱白玉麟、沈月凤、徐锦芳获演员一等奖，章嘻嘻获演员二等奖。

此后，各越剧社班落籍南通。南通市、启东、海门、如东、如皋、崇明（时为南通辖地）都纷纷组建越剧团。一时间，在南通，越剧成为列京剧之后的第二大剧种。剧团立足南通，向省内外扩展演出市场，上海、北京、天津、江苏南京、浙江杭州、江西九江、湖北武汉、湖南长沙等地都留下了南通剧人的足迹。

1957年，剧团以《倪凤煽茶》一剧参加江苏省第一届戏曲观摩演出大会，沈月英获表演一等奖、筱白玉麟获表演二等奖、章嘻嘻获表演三等奖。

1958年剧团创作演出反映建筑工人先进事迹的现代剧《老八路》获得成功，并应邀到上海、南京、武汉、天津、杭州等地演出，皆获好评，共演120场，观众逾15万。

同年10月，剧团应首都建工部门邀请赴京演出该剧，周恩来、朱德、陈毅等中央领导人出席观看，并接见演职人员及合影留念。《人民日报》、《北京日报》、《戏剧报》以及各报刊都发表评论文章和报道。市文化主管部门负责人孙大翔及剧团团长筱白玉麟应邀登上天安门观礼台参加国庆观礼。改编的《人面桃花》先后演出200余场，并于1958年参加北京国庆化装游行。

剧团曾两次受江苏省人民政府委派赴徐州矿区慰问演出，并多次受命赴中国人民解放军海军东海舰队作慰问演出。1960年，筱白玉麟被评为全国先进工作者，出席全国文教卫生系统先进单位、先进个人群英会。

1968年5月被撤销，成员均下放到市区纺织企业当工人。

1976年5月，剧团恢复建制。

先后创作演出大型剧目20多部，多次参加江苏省戏曲会演或调演，培养出黄晓萍、张振华、王萍芳、张玉平、周淑英等一批青年演员，多次在全国、省、市调演或比赛中获奖。创作出大型古装剧《贞娘恨》，在江苏省新剧目调演中获优秀演出奖，并摄制成戏曲电视片，获全国优秀艺术片奖。创作了现代剧《孔繁森》，连演280多场。新创大型古装悲喜剧《抓阄养父》，获得南通市第一届“五个一工程”奖，深受观众欢迎和好评。

杨谷中创作的《紫琅山下》是以南通解放战争中的烈士马世和为原型的剧目，几度修改公演，以男女合演为特色，留下了一段戏曲探索的足迹。

剧团曾先后选送近20名中青年演员进江苏省戏曲学校和上海越剧院学习、进修。1978年在浙江嵊县和本市招收男女学员30多人，由剧团组织培训，并进行男女合演的实验。中年演员钱世娥、沈莉君、赵俊麟、汪君卿四人演唱的《则天外传》、《龙凤花烛》选段，由中国唱片社录制成唱片。《龙凤花烛》由剧团书记张玉改编，1982年由江苏人民出版社出版发行，电影版连环画。

进入21世纪后，南通市越剧团归并南通艺术剧院，重新排练的现代越剧《女儿湖》登上了全国大赛的舞台，于2006年获得中国越剧艺术节铜奖。

2012年12月25日，由南通市越剧团与新疆圣龙投资有限公司联手合作的越剧《冒辟疆与董小宛》正式开排。著名剧作家罗怀臻任该剧编剧，著名导演杨小青担任总导演，著名越剧表演艺术家、越剧导演江瑶担任执行导演，另特邀著名唱腔设计家、上海越剧院陈均，著名舞美设计师、中央戏剧学院教授边雯彤等分别担任唱腔和舞美设计，优秀青年越剧演员徐柳飞、范晓萍任主演。2013年05月09日在南通更俗剧院首演，并开始了全国巡演，该剧先后在北京、郑州、南京、上海、武汉等城市巡演30多场，观众超5万人次，斩获票房超百万，创造了南通越剧团发展史上的一个奇迹。